(1)換能器在支架上要固定牢靠，防止從立桿上突然下滑，變幅桿末端切勿碰撞，防止變形或損傷。
(2)破碎樣品量的多少、時間的長短、功率的大小有待于用戶根據不同介質摸索而定，選取最佳值（一般在工作一秒，間隔一秒情況下，每過5分鐘取個樣，摸索實驗條件）。此儀器輸出功率較大，如選用φ2、φ3、φ6變幅桿時，應把功率開得小些，以免變幅桿過載而斷裂。
(3)使用一定時間后變幅桿末端會被空化腐蝕而發毛，可用油石或銼刀銼平，否則會影響工作效果。多次銼磨后，變幅桿比原來短了，此時會出現功率小或發不出超聲，在這種情況下，可把后面板中的選擇開關撥到相應的位置（變幅桿與選擇開關的位置可以不一致，在周圍各檔試著撥到會發超聲的那一檔為止），又可正常工作。這樣可大大延長變幅桿的使用時間。
(4)如破碎量在5ml以下，選用φ2或φ3變幅桿，此時變幅桿的插入深度可在1cm 左右，變幅桿末端離容器底部的距離可根據功率大小而定，最小不能小于0.5cm，原則上在發超聲時不打空、不飛濺，如出現打空、飛濺現象，應把功率再開得小些，超聲時間短些，以免損壞變幅桿（超聲時間最設置在0.5秒至1秒間）。
(5)功率表顯示的數值與電壓、變幅桿插入液面的深度及負載（比如破碎樣品的濃度、稠度）有關,變幅桿插入液面超過15mm，負載濃度太大，顯示數值可能要小一些，反之稍高。此時數據為模擬參數，它的大小不影響超聲發射的實際功率。
(6)本機不需要預熱，使用時應有良好的接地。
(7)
超聲波粉碎儀在超聲破碎時，由于超聲波在液體中產生空化效應，使液體溫度很快升高，用戶對各種細胞的溫度要求要多加注意，建議采用短時間多次破碎，同時可外加冰浴冷卻（超聲時間在1-5秒以內，間隔時間在3-5秒以上）。
(8
超聲波粉碎儀應安放在干凈、干燥處，不可放置在潮濕、高溫、灰塵較多及有腐蝕性氣體等地方。
(9)容器容量及形狀的選擇，應與樣品的多少相協調，實踐證明容器應選擇細長型破碎效果較好。最好變幅桿末端離容器底部應在于3cm 以上，功率超過400W以上，變幅桿末端離容器底部應大于5cm .
